中国是黑木耳的主要生产国，产区主要分布在吉林、黑龙江、辽宁、内蒙古、广西、云南、贵州、四川、湖北、陕西等地，其中黑龙江省牡丹江地区海林市和吉林省蛟河县黄松甸镇是中国最大的黑木耳基地。

黑木耳在我国有9个种，黑龙江拥有现有的全部8个品种，云南现有7个种、河南卢氏县有一种。野生黑木耳主要分布在大小兴安岭林区、秦巴山脉、伏牛山脉、辽宁桓仁等。湖北房县、随州、四川青川、云南文山、红河、保山、德宏、丽江、大理、西双版纳、曲靖等地州市和河南省卢氏县是中国黑木耳的生产区。

黑龙江省牡丹江地区内拥有得天独厚的地理资源气候优势，着名的林海雪原雪乡威虎山莲花湖镜泊湖坐落在此区域内。该地区林业资源丰富，气温昼夜温差大和丰富的山泉水条件最适宜黑木耳等多种真菌类名贵食用菌的生长，产出的黑木耳品质在全国也是最佳的。

吉林省春化镇叶赫地区多山，树木重生，有广袤的山林，具有优越的黑木耳种养、繁育条件。

除此以外，云贵两广的云岭和横断山区也是重要的黑木耳产区，还有秦岭巴山、伏牛山神农架大别山、武夷山等地也出产优质的黑木耳。